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La distribución de objetos jóvenes en regiones de formación estelar es compleja, ya que muestra estructuras a múltiples escalas espaciales asociadas a distintos procesos físicos. Las técnicas de análisis topológico de datos, y en especial los diagramas de persistencia, integran eficazmente la información multiescala y describen de forma natural diversos tipos de estructuras relevantes para la formación estelar, que van desde subgrupos densos a burbujas o huecos. En este trabajo se aplican diagramas de persistencia y técnicas de análisis clásico fractal para caracterizar la estructura espacial de objetos jóvenes en regiones tanto simuladas como reales. Se evalúan varios indicadores geométricos y topológicos, e identifican las combinaciones más efectivas para escribir estos entornos, demostrando el potencial del análisis topológico de datos para la extracción de huecos y estructuras densas.